COVID-19 letos znovu vyvolal titulky, ale vyrovnalo se mu množství dalších zajímavých virů: adenoviry, u nichž bylo podezření, že stojí za nárůstem případů hepatitidy na začátku jara, propuknutí mpox – dříve známé jako opičí neštovice – v létě, brzký nárůst respiračního syncyciálního viru (RSV) a vrchol případů chřipky po svátku Díkůvzdání. Každý z těchto virů byl testován klinickými lékaři, epidemiology a virology. Tito odborníci však reagovali využitím některých nástrojů, které byly vytvořeny během pandemie COVID.
Začátek roku 2022 přinesl první zkušební provoz pro naši sadu nástrojů: obrovské množství případů COVID způsobených vznikem vysoce přenosné varianty Omicron. Virologové museli znovu nastolit první dny pandemie: identifikovat kmen, otestovat jeho závažnost onemocnění a pochopit jeho schopnost uniknout imunitnímu systému. Dostupné vakcíny COVID byly postaveny proti Omicron a naštěstí vykazovaly dobrou účinnost. Nyní byly tyto studie známé a první výsledky byly rychle sdíleny, aby informovaly, jak úředníci veřejného zdraví po celém světě jednali, aby chránili obyvatelstvo.
Po počátečním nárůstu případů na jaře 2022 začalo mnoho jurisdikcí omezovat testování a sledování COVID. Centra pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) změnila své pokyny ohledně pokrývek obličeje, takže roušky nosilo méně lidí. Přesto výzkumníci nadále sledovali Omicron a jeho podvarianty a ti, kteří rychle pracovali na pochopení nejnovějšího kmene, si jen málo oddechli – v roce 2022 na ně ještě bylo možné vrhnout více patogenů.
Sekvenování genomu předpovídá šíření viru
Monitorování mutací je nástroj pro boj s viry, který byl použit na počátku pandemie, protože se již mnohokrát prokázalo, že pomáhá. Od roku 2008 byli vědci, kteří sekvenovali všechny typy virů, schopni nahrát celé genomy do GISAID, iniciativy vědeckého dohledu. Jejich práce umožnila rychlý výzkum na začátku pandemie chřipky H1N1 v roce 2009 a během epidemie ptačí chřipky v roce 2013.
„Když se v lednu 2020 objevil neznámý koronavirus, GISAID hrál klíčovou roli při sledování chřipky již 12 let,“ říká Sebastian Maurer-Stroh, výkonný ředitel Bioinformatického institutu v Singapuru a spolupracovník GISAID. Řada nástrojů společnosti Collaborative, přestože byla navržena pro sledování virů chřipky, byla vytvořena ve spojení s výzkumnou komunitou a velkými organizacemi, jako je Světová zdravotnická organizace (WHO). Tyto nástroje bylo relativně snadné přizpůsobit pro sledování šíření COVID, říká Maurer-Stroh.
[Related: The World Health Organization officially renamed monkeypox to mpox]
Databáze genomů SARS-CoV-2 společnosti GISAID pomohla při výzkumu spike proteinu patogenu, oblasti na viru, která ovlivňuje to, jak vstupuje do našich buněk a způsobuje infekci. Znamená to také, že země mohou sledovat vzestup a pokles různých kmenů ve svých populacích a podle toho provádět změny v pokynech. Přestože se na začátku roku 2022 začaly objevovat nové genomy SARS-CoV-2, GISAID a WHO stále sledují Omicron a vznik subvariant.
Ale v květnu 2022 si výzkumníci GISAID všimli nahrání nového genomu. Virus hMpxV a onemocnění, které způsobil, mpox, byly již endemické v zemích v Africe, ale zřídka způsobovaly infekce mimo kontinent. Dohled GISAID ukázal, že se rychle šíří nové linie a do července byl virus přítomen v 75 zemích. Ten měsíc WHO prohlásila epidemii za stav ohrožení veřejného zdraví. Od té doby počet případů neustále klesá, i když WHO uvádí, že sedm zemí stále zaznamenává nové případy. K 15. prosinci bylo celosvětově zaznamenáno více než 80 000 případů mpox.
Odpad jednoho člověka je důkazem nemoci druhého
Ve stejné době, kdy GISAID monitoroval DNA sekvence viru mpox, výzkumníci používali další sledovací nástroj používaný během pandemie. Odpadní voda odebraná od července do října v New Yorku ukázala, že poliovirus cirkuluje v šesti ze 13 vzorkovaných okresů.
Odběr vzorků odpadních vod odhalil COVID v kanalizaci již v dubnu 2020; V září téhož roku CDC spustilo Národní systém sledování odpadních vod (NWSS) pro monitorování hladin virů. Ve srovnání s hromadným testováním PCR nabízelo testování odpadních vod snadný a nenápadný způsob, jak zjistit, kde jsou ohniska aktivity viru.
„V odpadních vodách můžete sledovat spoustu virů a u COVIDu vidíme, že to může být jednodušší způsob, jak dělat epidemiologii, alespoň ve větším měřítku,“ říká virolog Michael Teng z University of Oddělení molekulární medicíny na jižní Floridě. Dohled nad odpadními vodami nedokáže určit jednotlivce, takže nepomůže identifikovat potenciální „supersproutory“ dříve, než nakazí ostatní. Ale je to skvělý nástroj pro virology, aby viděli obecné geografické trendy v úrovni virů.
[Related: Polio is officially circulating in the US again]
Šíření polioviru ve státě bylo „tiché“, ale představovalo skutečnou hrozbu. Případy dětské obrny se v USA v podstatě nevyskytovaly od zavedení vakcíny proti obrně, která má průměrnou absorpci u dětí v celé zemi 92 procent – i když v některých zemích je míra proočkovanosti jen 37 procent.
Boj s viry pomocí vakcín
Jak dokazuje pandemie, očkování je jedním z – ne-li nejlepším nástrojem pro zastavení šíření viru. Vakcíny proti COVID chrání před infekcí, a pokud se u vás objeví, je méně pravděpodobné, že budete mít vážné onemocnění, pokud jste byli očkováni.
Když tedy vědci předpovídali trojnásobnou epidemii COVID, chřipky a RSV směřující do USA, zpráva byla jasná: Nechte se očkovat proti chřipce a posilujte COVID. Ale bez dostupné vakcíny proti RSV počet případů rychle vzrostl u malých dětí a starší populace.
„Vakcínu proti COVID jsme měli asi do 11 měsíců od doby, kdy se objevila první sekvence viru, ale RSV byl poprvé identifikován v roce 1957 a od té doby jsme opravdu neměli dobré vakcíny,“ říká Teng, který se zaměřuje na respirační patogen. . „Ale jedním z opravdu vzrušujících příběhů pro tento rok je Pfizer [who developed one of the COVID vaccines] spolu s GSK měli opravdu dobré výsledky v testech RSV vakcíny pro starší osoby.
[Related: Fighting RSV in babies starts with a mother’s antibodies]
Teng říká, že nákup vakcín proti COVID vedl k infuzi kapitálu ve společnostech jako Pfizer a Moderna, z nichž druhá byla schopna investovat do výzkumu, který začal dlouho před pandemií. Tyto peníze znamenaly, že Moderna mohla podle Tenga pokročit s několika vakcínami ve vývoji, včetně jedné proti HIV.
Tyto důležité prvky boje proti virům v roce 2022 – monitorování genomu, dohled nad odpadními vodami a vývoj vakcín – jsou jen součástí obrovského boje proti infekčním chorobám. O COVIDu a dalších virech toho samozřejmě ještě hodně nevíme a nemůžeme předvídat, co přinese rok 2023. Ale vědci jsou vyzbrojeni více informacemi o šíření virů než kdykoli předtím a už začali uvádět pandemické učení do praxe.
Zdroj: revistamijardin.es, google.cz, pixabay, sciencefocus, nedd.cz
